Kajian Molekuler Karakteristik Gen Calpastatin (CAST) pada Kambing Boerka (Capra Hircus)

sri yuliati, T. Zahrial Helmi, Rinidar Rinidar, Ummu Balqis, erwin erwin, Rosmaidar Rosmaidar

Abstract


ABSTRAK

Gen yang yang dapat mempengaruhi keempukan daging salah satunya adalah gen calpastatin (CAST). Tujuan penelitian ini adalah untuk mengetahui karakteristik gen CAST pada kambing boerka secara molekuler. Sampel penelitian yang digunakan adalah darah yang diambil dari 5 ekor kambing boerka yang dipelihara di UPT Hewan Coba Universitas Syiah Kuala. Metode yang digunakan yaitu dengan polymerase chain reaction (PCR), elektroforesis dan sekuensing DNA. Gen CAST pada kambing boerka berhasil diamplifikasi dengan suhu 59°C sebesar 1552 bp. Sebanyak 5 sampel yang telah di PCR dilakukan sekuensing. Hasil sekuensing dianalasis menggunakan software program Basic Local Alignment Search Tool (BLAST) dan Clustal W dari program Mega 6.01. Hasil analisis menunjukkan bahwa gen CAST pada kambing boerka memiliki kemiripan dengan gen CAST pada Ovis  aries dan Bos taurus. Karakteristik gen CAST pada kambing boerka diantaranya memiliki panjang pasangan basa yang dapat teramplifikasi sebesar 1552 bp menggunakan suhu annealing 59°C dan memiliki kemiripan sekuen dengan gen CAST pada Ovis aries dan Bos taurus sesuai data yang ada di Genbank serta adanya variasi jarak genetik antar sampel kambing boerka.

Kata kunci : Calpastatin, PCR, sekuensing , kambing boerka

.

 

ABSTRACT

                Genes that can affect the tenderness of one of them is the calpastatin (CAST) gene. The aim of this research was to find out the characteristic of CAST gene in boerka goats. The sample of research used blood collected from 5 boerka goats which kept in UPT Hewan Coba Syiah Kuala University. The method used with polymerase chain reaction (PCR), elektoforesis and DNA sequencing. CAST gene on boerka goats was successfully amplified with a temperature of 59 ° C for 1552 bp. A total 5 samples have been in PCR in sequencing. The results of sequencing in analytics using software Local Basic Alignment Search Tool (BLAST) and Clustal W program from Mega 6.01 program. The results showed that the CAST gene in boerka goats had similarities with the CAST gene in Ovis aries and Bos taurus . Characteristics CAST gene in boerka goats such as having an alkaline pair length that can be amplified by 1552 bp using annealing temperature of 59 ° C and sequence similarity with CAST gene on Ovis aries and Bos taurus according to existing data in Genbank and the variation of genetic distance between samples of boerka goats.

Keywords : Calpastatin, PCR, sequensing, boerka goat

 

 


 


Full Text:

PDF

References


Astriani, P.L., K. Ratnayani, S.C. Yowani. 2014. Optimasi suhu annealing dan amplifikasi 0,3 kb gen rpob di hulu dari rrdr pada isolat P16 Mycobacterium tuberculosis multidrug resitant di Bali dengan metode polymerase chain reaction. Cakra Kimia. 2(2): 11-12.

Bahrampour, V. dan A. Mohammadi. 2017. Calpastatin gene polymorphism in raini and tali goat in the Kerman province. Iranian Journal of Applied Animal Science. 7(3): 461-464.

Chung, H. Dan M. Davis. 2012. PCR-RFLP on the ovine calpastatine gene and its association with gowth. Asian Journal Of Animal and Veteriney Advances. 7(8):641-652.

Dagong, M.I.A., R. Herman, C. Sumantri, R.R. Noor, Dan M. Yamin. 2012. Karakteristik karkas dan sifat fisik daging domba ekor tipis (DET) berdasarkan variasi genotip gen calpastatin (CAST) (lokus intron 5 - ekson 6). Jurnal lmu Ternak dan Veteriner. 1(17):13-24.

Darmayanti, R., E. Rianto, dan E. Purbowati. 2013. Pengaruh kualitas pakan terhadap keempukan daging pada kambing kacang jantan.. Jurnal Animal Agriculture. 2(4):56-62.

Dharyamanti, I.N.L.P. 2011.Filogenetika molekuler metode taksonomi organisme berdasarkan sejarah evolusi .Wartazoa. 21(1):73-78.

Ginting, S. P. dan F. Mahmilia. 2008. Kambing ‘boerka’: kambing tipe pedaging hasil persilangan boer x kacang. Wartazoa. 3(18):115-126.

Ginting, R.H., A. Farajallah, D.P. Farajallah, A. Batubara. 2017. Variasi genetik gen myostatin ekson 3 pada sembilan bangsa kambing lokal di Indonesia. Jurnal

Ilmu Pertanian Indonesia. 22(2):73-78.

Handoyo, D. dan Ari, R.. 2000. Prinsip umum dan pelaksanaan polymerase chain reaction (PCR). Unitas. 9(1):17-29.

Kusuma, A.S. 2016. Identifikasi keragaman gen calpastatin (CAST) pada bangsa sapi pedaging dengan teknik pcr-rflp. Skripsi. Fakultas Peternakan. Institut Pertanian Bogor. Bogor.

Leonard S, H. Khatib, V. Schutzkus, Y.M. Chang, dan Maltecca C. 2005. Effects of the osteopontin gene variants on milk production traits in dairy cattle. Journal Dairy Science. 88(11):4083-4086.

Noor RR. 2008. Genetika Ternak. Jakarta. Penebar Swadaya.

Nugroho,E.N. dan D.A. Rahayu. 2017. Pengantar Teori dan Aplikasi Bioteknologi. Depublish. Yogyakarta.

Othman, E. R. Hassan dan Darwish. 2016. Investigation of calpastatin genetic polymorphism in Egyptian sheep and goat breeds. Biosciences Biotechnology Research Asia. 13(4): 1879-1883.

Sharma, R.,A. Maitra, A. K.Pandey, L. V. Singh dan B. P. Mishra. 2013. Single nucleotide polymorphisms in caprine calpastatin gene. Russian Journal of Genetics. 49(4):441-447.

Sumantri, C., R. Diyono, A. Farajallah, dan I. Inounu. 2008. Polimorfisme gen calpastatin (cast-msp1) dan pengaruhnya terhadap bobot hidup domba lokal. Jurnal Ilmu Ternak dan Veteriner. 13(2):117-126.

Syawal, M. 2010. Karakteristik morfologi dan produksi kambing boer, kacang dan persilangannya pada umur 0 – 3 bulan (prasapih). Seminar Nasional Teknologi Peternakan dan Veteriner. Medan.

Yusuf, .K. 2010. Polymerase Chain Reaction (PCR) . Saintek. 5(6):1-6.

Yuwono, T. 2006. Teori dan Aplikasi Polymerase Chain Reaction. CV. Andi Offset, Yogyakarta.




DOI: https://doi.org/10.21157/jim%20vet..v3i4.7831

Refbacks

  • There are currently no refbacks.


Copyright (c) 2019 JURNAL ILMIAH MAHASISWA VETERINER

Creative Commons License
This work is licensed under a Creative Commons Attribution-NonCommercial-NoDerivatives 4.0 International License.